Los primeros torneos de futbol de salon se dieron en el primer trimeste del año 1967, fue lanzado con el instituto de los seguros sociales el gran primer torneo interbarrios de microfutbol (Fútbol de Salón, el mismo futebol de salao) con participación de 517 equipos y allí nació para Bogotá y Colombia lo que hoy es precisamente el fútbol de salón (microfutbol), posteriormente El Tiempo y Bavaria celebraron durante 12 años el interbarrios que nació en 1967. De ahi se dio a la tarea de oficializar este deporte, llenando los requisitos exigidos y después de muchos inconvenientes se fundó la Federación el 8 de noviembre de 1974.Las 5 primeras ligas creadas fueron: Bogotá, Cundinamarca, Boyacá, Risaralda y Quindio, que fueron las fundadoras de la Federación.
En la actualidad la federacion de futbol de salon de colombia cuenta con 27 ligas: Antioquia, Atlántico, Arauca, Amazonas, Bolívar, Boyacá, Bogotá, Caldas, Caquetá, Casanare, Cesar, Córdoba, Cundinamarca, Choco, Huila, Nariño, Norte de Santander, Magdalena, Meta, Putumayo, Quindío, Risaralda, Santander, San Andrés, Sucre, Tolima y Valle.
La federacion esta afiliada a la AMF (Asociación Mundial de Fútbol de Salón), con sede en Asunción Paraguay, a la Confederación Panamericana de Fútbol de Salón con sede en la misma ciudad y a la Confederación Suramericana con sede en Montevideo Uruguay.